Cuộc bầu cử lãnh tụ tối cao thứ hai của Iran được tổ chức vào ngày 4 tháng 6 và 6 tháng 8 năm 1989 sau cái chết của Ruhollah Khomeini, người sáng lập Cộng hòa Hồi giáo Iran và lãnh tụ tối cao đầu tiên.
Trong vòng bỏ phiếu thứ hai vào tháng 6, Hội đồng Chuyên gia bầu Ali Khamenei làm quyền lãnh tụ tối cao với 60 phiếu trên tổng số 86 phiếu do ông không phải là một Marja', một tiêu chuẩn bắt buộc làm lãnh tụ tối cao theo Hiến pháp. Sau cuộc trưng cầu ý dân về hiến pháp vào tháng 7 bãi bỏ tiêu chuẩn trên, Hội đồng Chuyên gia bầu Khamenei làm lãnh tụ tối cao chính thức trong vòng bỏ phiếu thứ ba vào tháng 8 với 60 thành viên trong số 64 thành viên có mặt biểu quyết tán thành.
Bối cảnh
Điều 109 Hiến pháp Iran quy định rằng lãnh tụ tối cao phải đạt danh hiệu Marja'. Tuy nhiên, do xung đột về tư tưởng giữa Ruhollah Khomeini và Hussein-Ali Montazeri, người kế nhiệm do ông chỉ định, Khomeini yêu cầu sửa đổi hiến pháp để bãi bỏ tiêu chuẩn này. Hội đồng Chuyên gia thảo luận yêu cầu của Khomeini, cụ thể là liệu tiêu chuẩn Marjaʿ tại Điều 109 có phải là một phần của năng lực lãnh đạo của Khomeini hay không. Nhiều thành viên Hội đồng Chuyên gia đóng vai trò quan trọng trong Cách mạng Hồi giáo và trong một số trường hợp quen biết Khomeini. Hội đồng Chuyên gia kết luận rằng năng lực lãnh đạo của Khomeini một phần là do trình độ tôn giáo của ông, nhưng chủ yếu là nhờ động cơ, kỹ năng chính trị của ông, và tán thành sửa đổi hiến pháp. Sau cuộc trưng cầu ý dân vào ngày 6 tháng 8 năm 1989, tiêu chuẩn lãnh tụ tối cao được giảm xuống còn một giáo sĩ có thẩm quyền ban hành fatwa.
Quy trình bầu cử
Quyết định tổ chức phiên bầu cử được đưa ra vào ngày 3 tháng 6 năm 1989, khi Ahmad Khomeini gọi điện cho Akbar Hashemi Rafsanjani vào khoảng 3 giờ chiều nói rằng cha ông đang nguy kịch. Rafsanjani và Mohsen Rezaee triệu tập các thành viên Hội đồng Chuyên gia đến Tehran để họp khẩn cấp. Thông báo về cái chết của Ruhollah Khomeini bị trì hoãn cho đến sau phiên họp.
Ngày 4 tháng 6, Rafsanjani khai mạc phiên họp và mang theo bản di chúc 35 trang của Khomeini được niêm phong cất giữ trong két sắt. Tổng thống Ali Khamenei đọc di chúc của Khomeini trước Hội đồng Chuyên gia trong vòng hơn hai tiếng.
Vấn đề đầu tiên được đưa ra thảo luận là Hội đồng Chuyên gia nên thành lập một Hội đồng Lãnh đạo Lâm thời hay chỉ định một lãnh đạo duy nhất. Phe ủng hộ tập thể lãnh đạo đề xuất một số tập thể, bao gồm:
45 thành viên biểu quyết tán thành cá nhân lãnh đạo, trong khi 23 thành viên biểu quyết tán thành tập thể lãnh đạo, bao gồm Ali Khamenei và Akbar Hashemi Rafsanjani.
Đề cử Mohammad-Reza Golpaygani
Sau khi Hội đồng Chuyên gia quyết định chỉ định một lãnh tụ tối cao, Mohammad-Reza Golpaygani được đề cử làm người kế nhiệm. Ông được coi là một Marja' lỗi lạcn và là một "ứng cử viên hàng đầu" trong các cuộc thảo luận công khai sau khi Hussein-Ali Montazeri bị miễn nhiệm. Tuy nhiên, Golpaygani "hoàn toàn không được công chúng biết đến", thiếu kinh nghiệm chính trị chỉ nhận được 14 phiếu bầu.
Đề cử Ali Khamenei
Sau khi Golpaygani thất cử, Ali Khamenei được đề cử và được bầu làm lãnh tụ tối cao mới với 60 phiếu thuận và 14 phiếu chống. Ali Meshkini tuyên bố rằng Khamenei được chọn vì mối quan hệ thân thiết với Khomeini và am hiểu các vấn đề xã hội, kinh tế, chính trị nhờ vai trò quan trọng trong cuộc Cách mạng Hồi giáo và Chiến tranh Iran – Iraq; Akbar Hashemi Rafsanjani tuyên bố rằng di nguyện của Khomeini là Khamenei sẽ kế nhiệm ông.
Imam nói: Tại sao [các người nghĩ rằng] chúng ta không có [người phù hợp]? Ngài Khamenei [có đủ tiêu chuẩn].
Nội dung các cuộc thảo luận về việc đề cử, bầu chọn Khamenei được giữ bí mật trong nhiều thập kỷ.
Năm 2008, Cơ quan Phát thanh – Truyền hình Cộng hoà Hồi giáo Iran công bố một số đoạn trích từ đoạn phim ghi hình phiên họp bầu cử, cho thấy Akbar Hashemi Rafsanjani đóng vai trò quan trọng trong việc thuyết phục các thành viên Hội đồng Chuyên gia bỏ phiếu cho Khamenei.
Theo lời kể của Rafsanjani tại phiên họp, trong một cuộc họp vào tháng 3 năm 1989, khi được hỏi về ứng cử viên kế nhiệm ông sau khi Montazeri bị miễn nhiệm, Khomeini trả lời rằng Khamenei là người kế nhiệm thích hợp. Rafsanjani được đánh giá là một "người lập vua" giúp cho Khamenei được bầu làm lãnh tụ tối cao.
Bất kể việc tôi thực sự không xứng đáng giữ vị trí này, việc bổ nhiệm tôi làm lãnh tụ lâm thời có những vấn đề về mặt kỹ thuật. Vai trò lãnh tụ của tôi chỉ mang tính hình thức, chứ không phải thực chất. Hơn nữa, theo Hiến pháp thì tôi không đủ tư cách giữ chức vụ này và, xét về quan điểm tôn giáo, nhiều người trong số các vị [tất cả các thành viên giáo sĩ của Hội đồng Chuyên gia] sẽ không chấp nhận tôi như một lãnh tụ. Vậy thì đây sẽ là kiểu lãnh đạo như thế nào?
Chính Khamenei phản đối đề xuất này, tuyên bố rằng "Tôi ủng hộ shuray-e rahbari [tập thể lãnh đạo] theo Hiến pháp và phản đối rahbari-ye fardi [cá nhân lãnh đạo]. Làm sao tôi có thể là ứng cử viên?". Rafsanjani đáp lại: "rahbari-ye fardi đã trở thành luật (qanun shode). Không có lựa chọn nào khác." Khamenei khẳng định lại "về vấn đề này... thì dù sao tôi cũng phản đối" và rời bục phát biểu sau, sau đó Rafsanjani tuyên bố "Những người ủng hộ, hãy đứng lên!" và phần lớn thành viên Hội đồng Chuyên gia đứng lên và hô vang Takbir.
Tháng 2 năm 2019, phần thứ ba của bộ phim tài liệu Narrative of the Leadership tiết lộ rằng Khamenei chỉ được bầu làm quyền lãnh tụ tối cao vì Hiến pháp vào thời điểm đó vẫn quy định lãnh tụ tối cao phải là một marja'. Sau khi các sửa đổi hiến pháp được thông qua trong cuộc trưng cầu ý dân về hiến pháp, Hội đồng Chuyên gia chính thức bầu Khamenei làm lãnh tụ tối cao vào tháng 8 năm 1989.